軍事行動
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更多資訊：反恐戰爭、維基解密和稜鏡計畫
盟軍在阿富汗的每月死亡人數
伊拉克戰爭中美方人員的每月傷亡人數
美國國家安全局帶領的五眼聯盟
美國士兵排列的文字：911，We Remember（我們銘記911）
《九一一報告》
美軍即年帶領北約國家向阿富汗發動戰爭，理由為「塔利班按無罪推定原則拒絕提交嫌疑人士奧薩瑪·賓拉登」。戰爭導致超過7萬人死亡，切爾西·曼寧亦透過維基解密披露於2010年4月至11月間一系列的資訊公開，較知名的包含2007年巴格達空襲、2009年於阿富汗的格拉奈大屠殺、美國外交電報和50萬筆伊拉克與阿富汗的戰爭日誌。
美軍一年後興建關塔那摩灣拘押中心並褻瀆古蘭經，拘押779名嫌疑人士，導致過百名嫌疑人士絕食抗議。
美軍兩年後帶領北約國家向伊拉克發動戰爭，理由為「擁有生化武器」。
美國國家安全局即年通過美國愛國者法案，五年後的外國情報監察法（英語：Foreign_Intelligence_Surveillance_Act），五年後的稜鏡計畫等法案帶領五眼聯盟進行全球監控，理由為「保護國家安全」，導致愛德華·史諾登披露稜鏡計畫。
2011年5月2日，美軍海豹特種部隊第六分隊在巴基斯坦西北邊境省城市阿伯塔巴德擊斃了被認為是九一一事件幕後主謀的蓋達組織領袖奧薩馬·賓拉登。
國內反應
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政府的各級部門展開對事件的調查。美國總統喬治·W·布希立即宣布此行為屬於戰爭行為。美國政府在事件發生後立即秘密拘留、逮捕、盤問至少1200人，大多數是非美國公民的阿拉伯或穆斯林男子。美國司法部也查問5000名來自中東的男子。政府後來承認，當中只有10到15人與蓋達組織有關，但是無人牽涉九一一事件。但是目前依然有500人因觸犯移民條例而被監禁，70名以色列人因違反旅遊觀光簽證而被拘留。國會通過400億美元緊急撥款，還有大約200億美元撥款用於航空公司補助。多部被指責為侵犯人身自由、為政府監視民眾提供便利的法律也獲得通過。10月10日，聯邦調查局公布「FBI恐怖分子通緝令」名單。
調查研究和報告[72]
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2004年8月，由托馬斯·基恩（英語：Thomas Kean）領導的恐怖襲擊全國委員會發布911事件的最終報告，結論表示造成2600多人死亡的一系列恐怖襲擊是由19名年輕的阿拉伯人造成的，他們聽命於總部設在阿富汗的伊斯蘭極端分子。這19人當中有些在美國待了超過一年時間，儘管有4人接受過飛行員培訓，但大多數人都沒有受過良好教育。他們大多數人英語說得不好，有些人甚至完全不會。他們以四五人為一組，攜帶刀具、罐裝梅斯噴霧（英語：Mace (spray)）或胡椒噴霧，劫持了4架飛機，造成這次致命的災難。
美國恐怖襲擊全國委員會分析了911襲擊的計劃和構思，並研究從1998年至2001年9月11日一系列由伊斯蘭極端分子發起的恐怖襲擊和美國各部門的應對措施。報告認為，在1998年8月美國駐肯亞和坦尚尼亞大使館的爆炸事件後，作為報復，美國對阿富汗和蘇丹的蓋達組織目標發動了巡弋飛彈襲擊，賓拉登及其顧問們便開始構思利用飛機來發動恐怖襲擊的計劃。
在美國各部門的應對措施方面，報告表示在2000年10月科爾號驅逐艦炸彈襲擊事件（英語：USS Cole bombing）之後，有證據表明是由蓋達組織特工發動的，但沒有證實賓拉登下達了命令。而塔利班早些時候曾被警告，它將對賓拉登再次襲擊美國負責。中央情報局將其調查結果描述為「初步判斷」，比爾·柯林頓及其首席顧問告知他們正在等待結論，然後再決定是否採取軍事行動。喬治·沃克·布希上任後即開始制定一項新戰略，其既定目標是在三到五年內消除蓋達組織的威脅。這份消除蓋達組織威脅的新興戰略包含擴大在阿富汗的秘密行動計劃，以及針對阿富汗和巴基斯坦的外交戰略，但整體上收效甚微。
報告指出，對911事件的應急回應有許多是即興的，而且在應對策劃者的一些弱點上存在疏忽。例如其中一名劫機的飛行員在2001年8月16日因違反移民條例被捕，情報界官員才意識到2000年1月在東南亞發現的恐怖分子已經抵達美國。這些案件並未促使採取緊急行動，一名官員形容，「沒有任何分析工作可以預見到連接雷電雲和地面的那束閃電」。這點對於從未處理過試圖將商用飛機轉變為大規模殺傷性武器的軍方也是如此。負責美國領空防禦的兩個聯邦機構——美國聯邦航空管理局（FAA）和北美空防司令部（NORAD）的現有協定，在各方面都不適合將被劫持飛機當作敵機來迎擊。美國軍方匆忙嘗試組織即興防禦，防空部門直到在賓夕法尼亞的飛機墜毀後28分鐘才收到擊落授權，並讓飛機緊急起飛，但效果不佳，因為他們不知道要去哪裡，也不知道要攔截什麼目標。雖然華盛頓的領導人認為在他們頭頂盤旋的戰鬥機接到了消滅敵機的指令，但實際上傳達給飛行員的唯一命令是「待命和警惕」。而報告最後認為，雖然五角大廈存在指揮和控制問題，但在應急回應總體上是有效的。
美國恐怖襲擊全國委員最後得出的結論是，美國政府從1998年到2001年所採取的任何措施都沒有擾亂甚至延緩蓋達組織陰謀的行程，整個政府都存在想像力、政策、能力和管理方面的失敗。例如；
美國領導人並不了解恐怖主義和蓋達組織所帶來的威脅和嚴重性，賓拉登和蓋達組織的恐怖主義威脅並不是公眾、媒體或國會政策辯論的主要話題，它們在2000年總統競選期間幾乎沒有出現過。而這種新型恐怖主義向美國政府機構提出了挑戰，這些機構並沒有經過精心謀劃來應對這些挑戰。無論是柯林頓政府還是911事件之前的布希政府，恐怖主義都不是美國政府最關心的國家安全問題，而在911事件之前，柯林頓和布希政府的官員都認為美國進攻阿富汗幾乎是不可想像的。
美國試圖在冷戰最後階段利用其能力來解決蓋達組織問題，但這些能力不足。例如中央情報局不具備應對準軍事行動的能力。在911事件之前，它也沒有尋求大規模擴充這些能力。美國國防部也從未全面參與打擊蓋達組織的任務，儘管這可能是威脅美國的最危險的外國敵人，但美國的國土捍衛能力主要是面向外部，其國內幾乎沒有保留任何警戒基地。美國國防規劃的場景偶爾會考慮被劫持飛機被引導至美國目標的危險，但僅限於來自海外的飛機。
美國聯邦航空局的能力也很弱，航空局既沒有考慮任何針對自殺式劫機的可能性來調整自己的訓練，也沒有調整與北美防空司令部的訓練來應對過去未經歷過的威脅。
錯失911事件的情報分享，是行動管理最廣泛討論的問題，在一些進階別的溝通方面，美國政府和各部門整體表現很差，進階軍方和聯邦航空局領導人之間沒有有效溝通，導致指揮系統運作不佳。這點也體現在回應參與救援的平民、消防員、警察、緊急醫療技術人員和應急管理專業人員身上，他們在指揮和控制以及內部溝通方面的問題阻礙了紐約的有效決策。在紐約消防局內部，出於幾個原因，指揮官難以與他們的隊伍溝通，實際派出的救援隊伍比命令要多，並且有部分單位展開獨立行動，他們既沒有全面考慮也沒有協調其它隊伍。由於缺乏標準操作程式和能夠使多個命令以統一方式回應事件的無線電，這些救援回應都曾受到阻礙。只有紐約警察局過去曾動員數千名警員參加過需要控制人群的重大活動，因此擁有更容易適應911事件規模的無線電技術能力。美國國會與行政部門一樣，對於跨國恐怖主義的興起作為對國家安全的威脅反應緩慢。在911事件之前，美國國會幾乎沒有就恐怖主義問題向行政部門機構提供任何指導，也沒有任何重大方式對其進行改革以應對威脅。
機密的28頁
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從2002年12月至2016年7月，911事件調查報告書中有28頁一直處於美國政府保密之下。目前美國國會議員可以在經過批准和嚴格監視下閱讀這28頁報告。共和黨眾議員托馬斯·馬西讀後聲稱：「這是令人震驚的，我需要每讀兩三頁後停下來重新調整歷史認知。[73][74]」。他另外在接受媒體訪問時說：「所有美國人必須閱讀這28頁報告，然後弄清楚911事件發生的真正原因、誰才是我們的朋友和誰才是我們的敵人。[75]」。這28頁報告被普遍認為是有關某國政府直接涉及911事件的資料。根據聯邦調查局和中情局洩露出來的檔案顯示，這個國家極可能是沙烏地阿拉伯[76]。總統歐巴馬在2009年承諾公開這28頁報告，給予受難者家屬一個交代。2016年7月16日，美國國會公布該28頁報告的大部分內容，儘管如此，報告中還有174處文字被保密而塗黑至無法閱讀[77]。根據被公布的部分，儘管其內容僅是調查員懷疑沙國皇室駐美大使的一些可疑電話，卻委婉的從側面證實之前外界依據洩露檔案做出的猜測。
2021年8月初，約1700名911事件受害者家屬、911事件的現場急救人員與生還者發表公開信，要求美國總統拜登解密政府檔案，以了解沙烏地阿拉伯在911事件中的角色。2021年9月4日，拜登簽署行政命令，指示美國司法部與相關機構檢視、解密並公布關於911恐怖攻擊的調查檔案，並在6個月內對外公布[78]。2021年9月11日，FBI公布首份9·11調查檔案，表示無證據證明沙烏地政府參與恐襲[79]。